USB comms: part 2 towards @micolous PR#463 (#595)

* change variable 'offline' from global to static
* change variable 'FlushAfterWrite' from global to static
* remove unused global variable 'current_command'
* WaitForResponseTimeoutW(CMD_UNKNOWN, ...) waits for any command
* #include "printf.h" or <stdio.h> in iso15693tools.c to define sprintf()
* and some minor changes/comments

Fix for swapped parity when using lf_bulk_program.lua (#591)

USB comm: prepare for @micolous change (PR#463) (#587)

* move communication related code from proxmark3.c and cmdmain.c to new file comms.c
* replace byte_t by uint8_t in uart_posix.c and uart_win32.c
* move OpenProxmark() and CloseProxmark() from flasher.c to flash.c
* move print_lock mutex including initializer to ui.c
* minor changes in printing help texts
* no changes in comms functionality yet

add: save and load options in hf list (#577)

Fix empty key list bug in mfkeys.lua (#579)

When input key list size is greater than 85, table.concat() returns empty because the last parameter is the end offset not the increment value.

Merge pull request #589 from Proxmark/revert-588-indala-preamble-fix

Revert "Fix offset Indala UID display"

Revert "Fix offset Indala UID display"

Merge pull request #588 from megabug/indala-preamble-fix

Fix offset Indala UID display

Fix offset Indala UID display

Commit 1dae9811f22b7f2cea340cee6945cb349046129d extended the amount of
fixed bits searched for when decoding 64-bit Indala. These additional
bits come from the end of one UID, and therefore need to be skipped past
when actually retrieving the UID.

mfu read block: retry block with bad CRC (#584)

* mfu read block: retry block with bad CRC, command timeout, or unknown response.

OSX: Multiple libedit/readline fixes (#585)

* OSX: Multiple libedit/readline fixes.

Merge pull request #580 from Proxmark/iceman1001-patch-1

Update README.md

Update README.md

Added hackerwarehouse

Merge pull request #578 from Tom5ive/master

fix for swapped parity bits

fix for swapped parity bits

Merge pull request #565 from Proxcloud/usb_android

Allow non-root access on Android devices

Merge pull request #572 from merlokk/hflistms_fix

`hf list mf` fix key length in printf

small fix

small fix `hf list mf`

Merge pull request #571 from merlokk/hf_list_mf

added command `hf list mf`

Merge pull request #570 from marshmellow42/master

improve lf cmdread

update changelog

+fix a comment typo
+ move clear bigbuf after fpgadownloadandgo...

small fix and added line to changelog.

move annotate* functions

added hardnested sketch. final cleaning.

nested works

code cleaning

check parity works

added parity check of deciphered command

small fix

added cipherstream recovery

move ks to authdata

reconfigure lf cmdread ...

to use lf config settings instead of it's own settings.  (now allows
full options of lf config...)

also it will now run `data samples` when the command completes making it
not necessary to run manually...

note: adjusted client wait message as it was confusing.

added some cone in nested. not tested.

added destroy

mock of key checking

added mock of key check

hf list mf 1st auth works

small fix util.c

fix appearance

correct 1st key calculation

added get parity

small fix

combine all auth data to single struct and fill it

add bitbang option to lf cmdread

by setting delay to 0 we can use cmd binary to bitbang the antenna.

note that the timing isn't perfect (especially on the off periods) but
is fairly close. worst i've seen it off is 8us on a large off period.
but i don't have the best test equipment...

added check reader/tag

added some get auth data

moved some functions and added auth sequence annotation

added cmdhflist file

add nested auth decoding to `hf mf sniff`

Merge pull request #569 from pwpiwi/fix_WDT_crash

fix hf mf mifare (WDT crash)

make product string even length

hf mf mifare:
* prevent WDT crash on repeated tries
* comes with faster execution as side effect
* use uint8_t instead of byte_t
* populate ar instead of (correctly) assuming that it is zero
* remove the "will take a few seconds longer" message because it is no longer true

change product desc to 9 and add extra null byte

remove debug change

remove old Manufacturer description code. fix Product description length

Remove BOS descriptor, leave just manufacturer descriptor for Android

fix: hf mf mifare -   populate keylist (#568)

This will solve the long running of the attack, since all candidate keys will be tested.

Add BOS USB descriptor. This allows non-root access on Android devices

Merge pull request #560 from pwpiwi/fix_hfmfmif

fix: prevent hf mf mifare from always running twice

fix: prevent hf mf mifare from always running twice
(issue #510)

Merge pull request #558 from pwpiwi/fix_alignment

add force_align_arg_pointer attribute to all callback functions

hf mf nested: use bitwise or instead. (#556)

add force_align_arg_pointer attribute to all callback functions
* inspired by issue #404 and respective fix PR #538
* possible fix for mysterious crashes, e.g. issue #497 and http://www.proxmark.org/forum/viewtopic.php?id=5388

update license conditions in armsrc/optimized_cipher.[ch] (#554)

Merge pull request #555 from Arnie97/master

hf mf nested: transfer keys to the correct block in one sector mode.

hf mf nested: transfer keys to the correct block in one sector mode.

hf mf eset: reuse mfEmlSetMem().

Merge pull request #553 from Arnie97/master

Minor fixes

mfkeys.lua: Remove trailing whitespaces.

mfkeys.lua: Align empty cells in the table.

mfkeys.lua: Remove the user input helpers (now in lualibs/utils.lua)

hf mf ecfill: Add the missing line break.

Fix typo in lua scripts: 1443a -> 14443a.

Merge pull request #551 from pwpiwi/remove_reveng

Remove reveng

Remove reveng
(its license was not compatible with PM3 license, see issue #527)

Merge pull request #550 from pwpiwi/fix_warnings

fix clang compiler warnings

fix clang compiler warnings
identified in http://www.proxmark.org/forum/viewtopic.php?id=5388

Merge pull request #549 from rkblackfire/master

Debug&Improvement of HW TUNE

Revert "dbg: Watchdog resets while 'hw tune lf'"

This reverts commit fc175230f431e7e33c7628c6b31064d4f7d1e1ad.

chg: print only valid tuning data

only print the ranges which were tuned, thus not showing an error for
'lf antenna' when called 'hw tune hf' and vice versa

dbg: Watchdog resets while 'hw tune lf'

loop does not finish, u_int is always '>=0'

Merge pull request #548 from merlokk/mfsniff_fix

`hf mf sniff` not a small fix

added nested authentication "not implemented" warning

Merge pull request #546 from pwpiwi/fix_tune

hw tune improvements (based on issue #544)

fix eml file format

added magic cards

ignore SELECT ALL

SNF_WUPREQ and SNF_SAK  harmonized)

deleted save UID from card

delete opposite states fix

fixed #541

`hf mf sniff` small fix

Merge pull request #503 from merlokk/travis

Travis

Revert changes in hardnested nonces collection. Sacrifice some speed in favor of stability for some card types (#547)

hf mf sniff: small fixes

fix: SIMD instruction set detection on non-x86 hardware

should fix issue #542

hw tune:
* scale results to allow higher LF voltages
* remove historic comments

hw tune minor fix, comments updated

HW TUNE adapting for powerful antennas. (#540)

CHG:  'hw tune'  adapting LF measuring from ( >> 8) max 65v,  to ( >>9 ) max 130v in the graph data.   Max LF voltage is 140.8v to measure.

Added a delay for antenna coil and caps to power up before measuring,
removed a variable in ReadAdc